Finansowanie    Działalność Agencji Badań Medycznych jest finansowana z budżetu państwa. Przychodami Agencji mogą być również środki finansowe pochodzące m. in. z budżetu Unii Europejskiej, międzynarodowych programów badawczych i innych tytułów. Środki finansowe pochodzące z odpisu z Narodowego Funduszu Zdrowia będą przeznaczane wyłącznie na realizację niekomercyjnych badań klinicznych.  W ramach dotacji budżetowej będą finansowane m.in. zadania zlecane (wskazane) Agencji przez Ministra Zdrowia w trybie badań ad hoc, polegające na organizacji i finansowaniu badań naukowych w sytuacjach zaistnienia zagrożenia epidemiologicznego lub ważnych potrzeb związanych z funkcjonowaniem systemu ochrony zdrowia. Badania te będą związane z weryfikacją np. skuteczności konkretnego rozwiązania terapeutycznego.